皇龙寺址位于庆州市九黄洞芬皇寺的前方，是新罗时期最大的寺庙。作为护国寺庙的黄龙寺可谓是古新罗时代佛教文化精髓的所在地。相传，新罗真兴王于553年想在月城东侧打造一处新的宫阙，但却在宫阙新址中出现一条黄龙，于是便将其改建成一座寺庙，命名为皇龙寺，寺庙历经17年于569年建成。此时，率居在寺庙的墙壁上绘制了古树，使得这座寺庙成了名副其实的国寺。584年建立了金堂。此后，曾前往唐朝留学的慈藏律师在经过泰和池时遇到仙人现身，仙人说道“皇龙寺护国龙乃我长子，受梵王之命，保护寺庙，你返回本国后，在寺中若能建成九层塔，则可保佑邻国幸福，造福九天，成就王业，天下太平。建成九层塔后，举行八关会，解救罪人，则可不受外敌侵略之苦。”于是慈藏回国后，奏请善德女王建立九层塔。百济名匠阿非知受命建塔，他利用木材和石料进行建塔，由龙春雇佣299名小工进行作业。慈藏将100颗佛祖舍利供养在塔中，645年该塔完工。在建造石塔的过程中，百济建筑师阿非知在立石柱的当天梦见百济亡国，开始对慈藏的话有所怀疑，正在他停工犹豫之时，大地开始颤动，天空变暗，有一年长高僧和力气巨大的壮士从安放六丈尊像的金堂中走出，将石柱立稳后消失。阿非知被他们的举动所感动，在反省的同时将石塔建成。善德女王在石塔建成的23年间，统一了新罗三国，此后众多贤哲都认为九层塔充满灵性，新罗的统一得力于九层塔的保佑。被誉为新罗三大国宝的黄龙寺六丈尊像、皇龙寺九层塔和真平王玉带，有两个都藏于皇龙寺中。原本新罗最大的钟也在皇龙寺中，后因蒙古入侵而丢失。慈藏、元晓等新罗高僧均在皇龙寺中宣扬过佛法，而真兴王、真平王、善德女王、宪康王、真圣王都在此听过佛法。1969年7月，随着遗址发掘工作的进行，金堂、讲堂以及塔址基石被挖掘了出来，从1976年3月起，历时8年，在发掘工作中发现了伽蓝配置一塔一金堂式构造，并出土了4万多件遗物。虽然建筑的下部构造及用材已经得到确认，但上部的用材还不明确，因此没法进行整体复原工作，只将基坛部分进行了复原。在挖掘的寺址中可以测出寺庙的面积多大8,800坪，是佛国寺的8倍。目前该寺被指定为史迹第6号。